涉嫌寻衅滋事罪的行为人被批捕以后的程序为:先由公安机关侦查,调查收集相关证据;然后由公安机关向检察机关移交证据,案卷;再由检察机关依法提起公诉;最后由法院作出有罪或无罪的判决。法律依据:《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十五条 公安机关对已经立案的刑事案件,应当进行侦查,收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留,对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人,应当依法逮捕。 第一百六十九条 凡需要提起公诉的案件,一律由人民检察院审查决定。 第二百条 在被告人最后陈述后,审判长宣布休庭,合议庭进行评议,根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定,分别作出以下判决: (一)案件事实清楚,证据确实、充分,依据法律认定被告人有罪的,应当作出有罪判决; (二)依据法律认定被告人无罪的,应当作出无罪判决; (三)证据不足,不能认定被告人有罪的,应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。