公司注销后的股东投资应作以下处理:公司以其财产清偿公司债务后,还有剩余财产的,有限责任公司按照股东的出资比例分配,股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。法律依据:《中华人民共和国公司法》第一百八十六条
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后,应当制定清算方案,并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金,缴纳所欠税款,清偿公司债务后的剩余财产,有限责任公司按照股东的出资比例分配,股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间,公司存续,但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前,不得分配给股东。