对生产劣药罪办案时的程序有:首先是由公安机关立案并进行侦查,侦查结束后向检察机关提交案件,检察机关审查结束后,认为应当提起公诉的,向人民法院提起公诉,案件的审判则由人民法院负责。法律依据:《刑事诉讼法》第三条
对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审,由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉,由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外,其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。
人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼,必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。