农业承包合同纠纷政府一般是会进行处理的。根据相关法律规定,因土地承包经营发生纠纷的,合同双方可以先自行协商,也可以直接申请村民委员会或乡(镇)人民政府等政府机构或民间组织调解解决。法律依据:《中华人民共和国民法典》第五十五条
因土地承包经营发生纠纷的,双方当事人可以通过协商解决,也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的,可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁,也可以直接向人民法院起诉。
第五十六条
任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的,应当承担民事责任。