起诉拖欠工程款纠纷的程序是:先是承包单位向法院提交诉状;然后法院在立案之后通知另一方当事人;之后确定开庭时间,进行庭前准备;再开庭、辩论、宣布判决结果;最后判决生效后发包人支付工程款或拒绝支付时由承包单位向法院申请强制执行。法律依据:《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条 人民法院应当在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告,被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。 《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条 发生法律效力的民事判决、裁定,当事人必须履行。一方拒绝履行的,对方当事人可以向人民法院申请执行,也可以由审判员移送执行员执行。调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书,当事人必须履行。一方拒绝履行的,对方当事人可以向人民法院申请执行。等。