检察院不起诉一般而言是不会有案底的。案底即犯罪记录,如果人民法院依法审判,判处有罪的,才会有案底,检察院不起诉是不会有案底的。如果当事人有犯罪行为,但是由于法定的情形,不需要追究其刑事责任的,检察院可以作出不予起诉的决定。法律依据:《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的,不追究刑事责任,已经追究的,应当撤销案件,或者不起诉,或者终止审理,或者宣告无罪:
(一)情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪,没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。