变造金融机构经营许可证罪的立案标准为:变造金融机构经营许可证罪属于行为犯,只要行为人实施了变造金融机构经营许可证的行为,即可予以立案。所谓“变造”,是指行为人采取剪裁、挖补、拼凑、涂改、覆盖、揭层等方法对真《经营金融业务许可证》加以改造处理,从而使其内容加以改变的行为。法律依据:《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》第二十五条
伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的,应予立案追诉。