分居三年起诉离婚程序具体如下:
1、原告依法向人民法院递交起诉书并且提交证明分居三年的证据;
2、法院立案;
3、送达传票;
4、开庭。且需先进行调解,调解无效的,依法进行审理;
5、宣判。法律依据:《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件:
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
第一百二十五条
人民法院应当在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告,被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。