工程挂靠协议注意事项如下:要注意挂靠人和被挂靠人之间的挂靠合同法律关系;发包人与被挂靠人的建筑工程承包合同法律关系;以及发包人与挂靠人的法律关系;还有供应商与被挂靠人、挂靠人之间的买卖合同法律关系等。
法律依据:
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第十五条
因建设工程质量发生争议的,发包人可以以总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼。
第十四条
建设工程未经竣工验收,发包人擅自使用后,又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的,人民法院不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。