建设工程施工合同纠纷可以通过和解、协商、仲裁、诉讼处理。当事人可以按照平等互利的原则私下进行协商、和解，和解不成的可以根据建设工程施工合同的规定交由指定机构进行仲裁或者向人民法院提起诉讼。

法律依据：

《仲裁法》第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

《民事诉讼法》第一百二十二条

当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。

《民法典》第五百七十七条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

建设工程施工合同的管辖法院是适用专属管辖的规定，由建设工程所在地的人民法院管辖。但如果工程还未施工的，当事人可以向被告住所地或者合同履行地的人民法院起诉。

法律依据

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条

因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条

下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条

合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

建设工程施工合同司法解释对可以认定无效的施工合同做了规定，一是承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的无效，二是没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的无效；三是建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的无效。

法律依据：

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条

建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：

（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；

（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；

（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。

第三条

建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

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